Sezoni 3

Transmetuar më: 20 September 1968

Një femër alien shfaqet në anije dhe, pasi paralizoi pjesën tjetër të ekuipazhit, i heq kirurgjikisht trurin Spockut. Kirk dhe ekuipazhi kanë vetëm disa orë për të gjetur dhe zëvendësuar atë para se trupi i Spockut të vdesë

Transmetuar më: 27 September 1968

Ekipi i Enterprise është në një mision sekret për të vjedhur një pajisje mbulimi Romulane

Transmetuar më: 04 October 1968

Një pajisje aliene në një planet primitiv fshin memorien e Kapitenit Kirk, dhe ai fillon një jetë të re me njerëzit indigjenë të planetit

Transmetuar më: 11 October 1968

Në një planet të largët, Kirk, Spock dhe McCoy gjejnë një ekip shkencor të vdekur, dhe fëmijët e tyre që, pa e ditur ekuipazhi, kanë fuqitë e mëdha në dispozicion

Transmetuar më: 18 October 1968

Anija Enterprise udhëton me një ambasador alien, i cili pamja e tij shkakton çmenduri

Transmetuar më: 25 October 1968

Duke u gjetur si shkelës të hapësirës Melkotiane, Kapiteni Kirk dhe shokët e tij dërgohen të vdesin në një ripërsëritje të luftës me armë në O.K. Corral

Transmetuar më: 01 November 1968

Një forcë aliene e çon ekuipazhin e Enterprise në një konflikt brutal me Klingonët

Transmetuar më: 08 November 1968

Ekipi i Enterprise-it nxitohet të ndalë një asteroid nga përplasja me një botë të Federatës, por zbulon se asteroidi është në të vërtetë një anije gjeneratash e banuar

Transmetuar më: 15 November 1968

Kapiteni Kirk është kapur mes dimensioneve ndërsa ekuipazhi i Enterprise punon për ta rikuperuar atë. Gjatë gjithë kohës, Tholianët kërkojnë që Enterprise të largohet nga hapësira e tyre

Transmetuar më: 22 November 1968

Ekipi i Enterprise-it përballet me një racë pa moshë dhe sadiste humanoidësh me fuqinë e telekinezës, të cilët pretendojnë se e kanë organizuar shoqërinë e tyre rreth idealeve të lashta greke

Transmetuar më: 29 November 1968

Alienët "të përshpejtuar" të padukshëm marrin kontrollin e Enterprise dhe përpiqen të rrëmbejnë ekuipazhin për ta përdorur si "stok gjenetik"

Transmetuar më: 06 December 1968

Ndërsa vizitojnë një planet të dënuar, ekipi i uljes është subjekt i eksperimenteve torturuese nga alienë të fuqishëm

Transmetuar më: 20 December 1968

USS Enterprise transporton një princeshë të prishur, e cila është e angazhuar me një princ të mbretërisë trojane, për të cilin shpresohet se do të sjellë paqe në një sistem yjor në luftë

Transmetuar më: 03 January 1969

Kapiteni Kirk përballet me një kapiten anijeje që ndryshon formë dhe është i çmendur, i vendosur të kontrollojë universin

Transmetuar më: 10 January 1969

Enterprise has encounters with two duo-kromatik dhe ndërsjelltësisht luftarakë alienë që e vendosin anijen në mes të konfliktit të tyre të vjetër

Transmetuar më: 17 January 1969

Një racë e alienëve të mbipopulluar rrëmben Kapitenin Kirk për të zgjidhur problemin e tyre

Transmetuar më: 24 January 1969

Kirk, McCoy dhe Sulu janë të bllokuar në një planet të shkretë ku një grua misterioze përpiqet t'i vrasë ata një nga një, ndërsa Enterprise duhet të udhëtojë gjysmën e rrugës përmes galaksisë për t'i shpëtuar

Transmetuar më: 31 January 1969

Alienët e çuditshëm inkorporeal kërcënojnë stacionin Memory Alpha dhe Enterprise

Transmetuar më: 14 February 1969

Ekipi i Enterprise takon një njeri të pavdekshëm në këtë variacion shkencor të Shakespeares "The Tempest"

Transmetuar më: 21 February 1969

Enterprise merr një grup "hipish" hapësinorësh që po kërkojnë Edenin

Transmetuar më: 28 February 1969

Kapiteni Kirk garon kundër kohës për të siguruar minerale që luftojnë kundër plagës nga një botë në mes të një rebelimi civil kundër një pabarazie të rëndë sociale

Transmetuar më: 07 March 1969

Të huajt e detyrojnë Kapitenin Kirk dhe Zëvendës Oficerin Spock të bashkëpunojnë me "Abraham Lincoln" dhe "Surak" për të luftuar kundër villainëve në një garë të mirë kundër së keqes

Transmetuar më: 14 March 1969

Kirk, Spock dhe McCoy janë të bllokuar në dy pjesë të së kaluarës së një planeti tjetër - një botë e kërcënuar me shkatërrim kur dielli i saj bëhet supernova

Transmetuar më: 03 June 1969

Sipërmarrja është në rrezik kur Janice Lester, një nga ish-të dashurat e Kirkut, vjedh trupin e tij